盘龙城1954年被发现，近60年来，一直存在许多谜团，有待专家学者破解。
谜团一 对南方城市发展有多大影响
盘龙城是武汉城市之根，它对商以后长江中游地区乃至中国南方地区城市的发展，有多大程度的影响？目前专家大多站在历史考古学的角度来看盘龙城，还需要进一步从历史哲学、社会学、科技发展等其他角度进行考察研究。
谜团二 盘龙城有多少人口
由于没有铭文记载，商代盘龙城地区有多少人？一直是专家关注的热点和难题。盘龙城的社会总体经济达到什么水平？其地形、地貌、气候、水文，和今天有什么不同？也有待解密。
谜团三 大玉戈用什么工艺琢成
盘龙城的大玉戈长达94厘米，宽11厘米，但其厚度仅0.5厘米。如此长度的玉器，却只有这么薄，当时到底是用什么工艺、什么工具琢成的？其玉料又是通过什么方式、从什么地方运来的？
谜团四 青铜器的原料来自何处
盘龙城出土了400多件青铜器，它的铜料来源到底是湖北大冶还是江西瑞昌？它是通过什么方式来的？至今仍无定论。
谜团五 原始瓷器是哪里生产的
盘龙城还出现了大量的原始瓷器，其特征与江西地区所出相近，但尊、瓮、罐等器又有自身风格，是本地区发展起来的一种类型，并向中原地区传播。有专家认为，郑州商城出土的硬（釉）陶尊、罍、瓮，器形特征与盘龙城器形如出一辙，似为盘龙城产品的输入；由此分析认为，盘龙城是我国原始瓷器最早的产地之一。但也有专家认为，它是江西等地输入的。
谜团六 大陶缸到底是做什么用的
盘龙城出土特别多的一种器物是大陶缸，其中一件高达1.1米，为全国同类器物中形体最大者。这种陶缸在商代是做什么用的？专家在一种厚胎的陶缸里发现了炼铜的残渣，分析认为是一种冶铜工具。但也有人认为，那些薄胎的陶缸，也可能是用于贮藏粮食或者酿酒。
谜团七 大象是否曾在盘龙城生活
2006年，考古人员在杨家嘴一带发现了象牙，这是盘龙城遗址第一次发现象牙。这枚象牙是从其他地区来的，还是长江中游地区曾经有过大象生活？专家也有不同说法。
谜团八 盘龙城因何而衰落
早商三期时，荆南寺遗址出现了明显的衰败迹象，此时盘龙城遗址也已废弃，其邻近的意生寺、龙王岭、铜鼓山类型相继衰落或消失。有学者认为，盘龙城的衰落与整个商王朝的衰落是一致的。也有专家分析，盘龙城可能因为洪水或血吸虫病而消失。对于后一种原因，有遗址中发现血吸虫病的传染源之一钉螺为证。
