后来,兵部“议再征兵二千”,于是“良玉与民屏驰还”.返回石砫之时;正赶上永宁宣抚使猓猡族的奢崇明起兵叛乱,奢崇明的党羽樊龙占据了重庆,听说秦良玉带兵回到了石砫,马上“赍金帛结援”,秦良玉大怒道,“我受朝延厚恩,正思报效国家,岂能与叛贼为伍!”朝延闻报后,授秦良玉为都督佥事,拜为石砫总兵官,以示嘉奖。天启三年(1623)四月,良玉继续领兵攻奢,连下奢军最后盘据的遵义、永宁、蔺州(今古蔺)和九节滩、红崖墩、观音寺、青山墩及江潦48寨,全川平定。奢崇明逃往贵州,勾结水西(今乌江上游鸭池河以西)土司安邦彦同反。安邦彦自立为罗甸王,招兵买马,占据了贵阳以西的千里之地。朝廷又诏命秦良玉率白杆军入黔平乱,白杆军奋勇作战,很快就平定了叛乱,杀死了安邦彦,但也赔上了秦民屏的性命。
崇祯三年(1630年),皇太极攻榆关不入,便率十万辫子军绕道长城喜峰口入侵,攻陷遵化后,进抵北京城外,连克永平四城,明廷大震。清兵趁机直奔向通州,京师形势十分急迫。明朝廷再次诏今天下诸军镇边勤王,秦良玉接旨后,带领她的白杆兵,日夜兼程赶往京师,并“出家财济饷”,以补朝廷因连年应战而造成的军需不足。秦良玉的部队与清兵在京师外围相遇,还没来得及安营扎寨,就开始了全面进攻。年己五十五岁的秦良玉,手舞白杆长矛,好似“瑞雪飞舞、梨花纷飘,锋刃所过之处,清兵不是头落地就是手脚分家”;所有白杆兵将士,无不以一当十,威猛如虎,打得清兵落荒而逃。很快,秦良玉接连收复了滦州、永平、迁安、遵化四城,解救了京城之围。崇祯帝大加感慨,特意在北京平台召见秦良玉,优诏褒美,赏赐彩币羊酒,并亲赋诗四章,彰其功绩:
学就西川八阵图,鸳鸯袖里握兵符,
由来巾帼甘心受,何必将军是丈夫。
蜀锦征袍自剪成,桃花马上请长缨,
世间多少奇男子,谁肯沙场万里行。
露宿风餐誓不辞,饮将鲜血代胭脂。
凯歌马上清平曲,不是昭君出塞时。
凭将箕帚扫虏胡,一派欢声动地呼,
试看他年麟阁上,丹青先画美人图。
明军收复永平四城后,朝廷留其马祥麟和秦翼明驻京畿防守,命良玉回川“专办蜀贼”.
又过了十来年,起义军张献忠进入四川一带,年过花甲的秦良玉再次披挂上阵,风采不减当年。她率领白杆兵,连战连捷,解除太平之围,扼罗汝才于巫山,斩东山虎于谭家坪,使张献忠的军队在川地吃了不少苦头。然而,由于川地屡经兵灾,府库空乏,粮饷短缺,损失的兵力无法补充;而起义军部队势力强大,如潮水般涌进川蜀,整个战局上,官兵无法取胜。秦玉良万般无奈,只有退保石砫一地。这时京城已被李自成所率领的义军攻破,明思宗自缢于煤山,大明皇朝在风雨飘摇中终于彻底倒塌,李自成入主京城,张献忠则想牢牢控制住川蜀,以作为自己的据点。张献忠东征西战,几乎囊括了全蜀,却唯对石砫弹丸之地无可奈何。已六十八岁高龄的秦良玉,带着她手下历经百战的白杆兵,誓死抗拒,一直到张献忠败亡,起义军终没能踏入石砫半步。清顺治五年端阳节过后,七十五岁的秦良玉,在一次检阅过白杆兵后,刚刚迈下桃花马,身子突然一歪,溢然离开了人世,这次阅兵成为她与自己的白杆兵诀别的礼物。