禅定寺内原设有参尼、居巴、萨里瓦、谦巴四大扎仓。禅定寺最高负责人为僧纲，总揽全寺宗教教育、行政、司法等项事务。僧纲为世袭。僧纲之下设三套组织，一是戴哇雄，简称"戴"（即僧官衙门）。下设大小头目，大头目主管本寺部分行政事务，代表寺主办理属寺事务。大头目下设班头两人，负责监察全寺僧人持戒情事，班吏 5-10人，负责递送通知，传人等杂务。二是坐庄喇嘛办事处，简称"喇",即通称的赤哇，管理全寺宗教、法事活动。三是尚署组织是吉哇办公处（卓尼方言读吉西）简称"西",是办理本寺各学院事务的行政机构。

　　从五幢佛殿到三大学院，倾听着格桑道德喇嘛讲述古寺的历史，回到寺门楼，仰望中国佛教协会会长、书法大师赵朴初先生为寺门书额的"禅定寺",已过去四个小时。夕阳西下，暮色苍茫，我不知道自己是怎么在那份依依不舍的情愫里距禅定寺远来越远了，很明显地，我是将一种难以说清的情感存放在了那里，禅定寺佛堂屋顶上小喇嘛凝视的眼神，成了我回到城市后一种抹不去记忆……