藏传佛教分为前弘期和后弘期两个阶段。因此藏传佛教对敦煌石窟的影响也鲜明地分为三个阶段，即吐蕃时期，西夏统治时期，蒙元时期。
 

　　吐蕃对敦煌有近70年的统治（786——848），不仅使敦煌佛教得到了迅猛发展，而且吐蕃统治的敦煌刚好使敦煌避过了唐武宗的“会昌法难”，很好的保护了敦煌遗书，在对敦煌的保护上，吐蕃做出了不可磨灭的贡献。

　　吐蕃是我国古代有文化传统的民族。除了在西藏地区保存有大量的古代文化遗物，敦煌也保存了一些吐蕃的早期文物。这里曾经发现古藏文经典与文书，也有壁画和绢画。吐蕃时期的壁画初由当地前期的影响，也新出现了一些别具特色的密宗图像，赞普的形象也在壁画中出现。所以应该说敦煌保存着最早的藏画遗物。

　　吐蕃时期开建的洞窟，现存约48个，吐蕃占领敦煌之前，河西走廊战争频繁，所以开元、天宝时期有一批洞窟“开凿友人，图案未就”这类石窟有18个，吐蕃占领敦煌之后，社会生活相对安定，这些洞窟的塑像和壁画才逐渐完成。这两类总计为66窟，其数量和规模都超过了盛唐时期。

　　敦煌在吐蕃统治下，佛教又进一步的发展。窟龛形制和经变样式都有显著变化，除继承前代的多种经变，又增加了新的图样。在经变中出现赞普的形象，使维摩变具有了新的时代气息。特别值得注意的是藏式佛教图像的出现，敦煌第465窟是遗留下来的有明确纪年的洞窟，此洞窟建成于可黎可足在位彝泰二十五年（公元839年）窟顶为大如来和四方佛，四壁绘画以中心主尊与四周化身小图像组合在一起，形成一种新型变相，这是现存最早的藏式密宗图像。

　　晚唐时期（848－907年），敦煌又回归大唐统治，世族张议潮成了这里的主人。敦煌的豪门大族包揽了从人间到天国的一切，实力雄厚的世族竞开家窟，而互不破坏，计开凿60余窟。其艺术风格融汇了中原绘画、吐蕃遗风和敦煌地方色彩。画面密、显宗图像并存；密宗多变相；经变比中唐更多。同时，壁画中出现了如《张议潮统军出行图》等与佛教无关的世俗题材。

　　西夏统一河西，建立大夏国，敦煌处于西夏统治之下。西夏改建了前代的不少石窟。西夏佛教与藏传佛教的关系源远流长。由于地域和族群的关系，吐蕃和党项在历史和文化方面有诸多的共同之处，吐蕃佛教对党项人产生了较大的影响。西夏建国以后同时将汉地佛教和藏传佛教兼收并蓄地融合在一起，极为侧重藏汉佛教中有关实践的内容，西夏王室看重藏传佛教。特别是到了晚期，由于密教大为流行，藏式佛画开始流行，无疑在莫高窟，榆林窟显示了影响，如榆林窟的第2，3，29窟。

　　敦煌是较早受到蒙古统治的一个州郡。蒙古非常重视对瓜，沙的经营。自十一世纪后期栖息于此并笃信藏传佛教的西夏人众并未迁移，加上统治者的提倡，因此瓜沙地区的藏传密教，有元一代更趋发展，莫高窟在此形势下，出现了纯粹的藏传密教的洞窟，即第465窟，，西千佛洞的第20窟。